LÍNEAS DE INVESTIGACIÓN
En mi grupo de investigación combinamos la información experimental con la computacional para establecer las bases energético-estructurales del funcionamiento de proteínas y su formación de complejos con otras biomoléculas (proteínas, lípidos, carbohidratos y DNA). Lo anterior para explicar el mecanismo molecular de un determinado proceso biológico en condiciones normales o ligado a una enfermedad, así como para el diseño racional de fármacos o el reposicionamiento de fármacos. Los estudios los realizamos combinando diferentes técnicas computacionales como lo son el virtual screening, modelado por homología, docking molecular, dinámica molecular acoplada a métodos de cálculos de energía (MMGBSA, MMPBSA y PMF) y métodos híbridos que combinan métodos de mecánica molecular (dinámica molecular) y mecánica cuántica (métodos QMMM). Recientemente, dada la importancia de los dendrímeros en la industria farmacéutica como potenciales nanoacarreadores de fármacos poco solubles, realizamos estudios computacionales que generen información relevante sobre el mecanismo molecular de transporte de fármacos de interés farmacéutico por dendrímeros tipo PAMAM.
FLEXIBILIDAD Y ESTABILIDAD ESTRUCTURAL DE PROTEÍNAS
Análisis de las diferencias en la flexibilidad, estabilidad conformacional y análisis de los componentes principales (regiones estructurales que contribuyen en mayor medida a la flexibilidad y estabilidad estructural de una proteína) para la forma libre y asociada con ligando para el complejo Lipasa-Colipasa.
Determinación de la estabilidad conformacional, análisis del mapa de interacciones proteína-ligando y análisis de los componentes principales para la forma libre y asociada de GPER1 (receptor de membrana) con ligando agonista/antagonista.
DISECCIÓN ENERGÉTICA ESTRUCTURAL DE UN COMPLEJO BIOLÓGICO
Disección energética estructural de la energía libre de unión (DG) total y por residuo para el complejo EGFR-ligando mediante el método MMGBSA/MMPBSA.
DENDRÍMEROS
Estudios de dinámica molecular acoplada al método MMGBSA/MMPBSA para el complejo PAMAM-G4-metotrexato para evaluar la capacidad máxima de carga y transporte de metotrexato por PAMAM-G4.
